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Nature Genetics:草鱼全基因组图谱揭示其进化及食草适应性

发布人:道斯夫生物
时间:2015-05-05 03:55:04
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    草鱼是一种重要的养殖鱼类,大约占全球淡水鱼养殖总量的16%,并且因其食草的食性而得名。近日,由中国科学院水生生物研究所等机构的科学家绘制完成了草鱼全基因组序列图谱,这是全球科学界首次完成对草鱼基因组的测序。相关研究成果于5月4日在国际顶尖学术期刊《Nature Genetics》上在线发表。

    该研究分别对一尾雌性和一尾雄性草鱼进行了全基因组测序,成功获得雌性(0.9GB)和雄性(1.07GB)草鱼基因组组装序列。通过基因注释在雌性基因组中识别出27,263个蛋白编码基因模型。比较转录组分析发现,肝脏中的甲羟戊酸通路及类固醇生物合成的转录激活与草鱼从肉食性到草食性的适应变化有关。

    此外,通过共线性分析,研究还发现草鱼与斑马鱼有相似的遗传进化历史,它们大约在距今4900-5400万年前开始发生分化。相对于斑马鱼,在草鱼中识别出了一个染色体融合现象并发现在草鱼的X和Y染色体之间有频繁的交换。

    草鱼作为鲤科鱼类的代表性物种,其全基因组序列的解析,首次将改善鱼类养殖质量引入到基因组学研究层面,这将为鱼类重要经济性状相关基因的发掘和养殖品种的遗传改良奠定重要基础。

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